Kvennaathvarfið er rekið af frjálsum félagasamtökum; Samtökum um kvennaathvarf. Félagar í samtökunum kjósa sér fimm manna stjórn og tvo varamenn á aðalfundi sem haldinn er í apríl ár hvert. Þar eru grundvallarbreytingar á starfsemi Samtaka um kvennaathvarf samþykktar.

Stjórnin sem er ábyrg fyrir rekstri athvarfsins heldur að öllu jöfnu fundi mánaðarlega og oftar ef á þarf að halda. Á stjórnarfundum hittast stjórn og framkvæmdateymi og bera saman bækur sínar, en stjórnin ber ábyrgð á starfseminni í heild, tekur allar helstu ákvarðanir og leggur drög að starfi framkvæmdateymis.

Stjórn skipa:

• Esther Hallsdóttir, formaður
• Joanna Marcinkowska, varaformaður
• Ragna Björg Guðbrandsóttir, meðstjórnandi
• Árni M Matthíasson, meðstjórnandi

Varastjórn:

• Agla Eir Vilhjálmsdóttir, ritari
• Ásta magnúsdóttir, varamaður

Netfang stjórnar er: stjorn@kvennaathvarf.is 

Stjórn sjálfseignarstofnunar skipa:

• Esther Hallsdóttir, formaður
• Sigríður Elín Sigfúsdóttir, gjaldkeri
• Guðrún Ingvarsdóttir, ritari

Varastjórn

• Þórdís Guðmundsdóttir
• Sabine Leskopf